Assassin's Creed: Brotherhood להורדה

לאחר תקיפת הטמפלרים בסיום המשחק הקודם בסדרה, Assassin's Creed II, דזמונד מיילס וחבורתו (לוסי, שון ורבקה) בורחים למונטריג'וני ומקימים בוילה של משפחת אודיטורה (דוד של אציו, מריו) את מחבואם החדש. כאשר האנימוס, המתקן דרכו חווה דזמונד את הרפתקאותיו של אציו, מחובר לחשמל, השחקן לוקח פיקוד על אציו אודיטורה דה פירנצה בגוף שלישי.

סיפורו של אציו מתחיל בשנת 1499, היכן שהמשחק הקודם הסתיים. אציו בורח מהעיר רומא עם דודו מריו אודיטורה ומגיע למונטריג'וני. מיד אחרי זה, העיר מותקפת על ידי צ'זארה בורג'ה, בנו של רודריגו בורג'ה. המתנקשים מובסים על ידי התקפה פיתאומית זו והעיר נהרסת. מריו נרצח על ידי צ'זארה בורג'ה, והתפוח של עדן, חפץ בעל כוחות מיסטים אדירים, נלקח ממנו.

אציו בורח עם משפחתו לרומא, מקור העוצמה של הטמפלרים באיטליה. הוא נופל מהסוס ומתעלף. הוא מתעורר ברומא בביתה של אישה שטוענת שאדם הביא אותו לרומא וביקש ממנה לומר לאציו לחפש את אדון מקיאוולי (Machiavelli). לאחר שאציו נפגש איתו, מקיאוולי לוקח אותו למחבוא של המתנקשים. הוא מספר לאציו ששכירי החרב, הגנבים והזונות לא משתפים איתם פעולה מסיבה כלשהי. אציו יוצא לברר מה קרה ולהחזיר את המצב לקדמותו. לאחר שפתר את בעיה זו, הוא חוזר למקיאוולי ומגלה שקטרינה ספורצה (מלכת פורלי), מוחזקת בבית הכלא של משפחת בורג'ה. הוא מציל אותה ועוזר לה להימלט. אציו מתחיל לצרף אנשים שמורדים במשטר של הבורג'ה למסדר המתנקשים. הוא מחליט להרוס את מקור הכסף של צ'זארה, ומגלה את האדם האחראי על כספיו והורג אותו.

ברטולומאו, חבר של אציו ומפקד שכירי החרב, מותקף בידי חיילי הצבא הצרפתי, בעלי בריתו של בורג'ה. אציו הודף את המתקפה אך מגלה שאשתו של ברטולומאו נחטפה. הם מסתננים למחנה של הצרפתים ואציו הורג את המפקד שלהם, מה שגורם לצבא הצרפתי לסגת מאיטליה , עובדה שמחלישה עוד יותר את צ'זארה. אציו עוקב אחריו. צ'זארה גילה את הרומן של חברו עם לוקרציה (אחותו של צ'זארה) ותכנן להרוג אותו. אציו מתגנב לטירתו של הבורג'ה ורואה דרך החלון את רודריגו המנסה להרעיל את צ'זארה בעזרת תפוח מורעל אך לא מצליח. לוקרציה אומרת לאציו שצ'זארה הולך לסן פיאטרו ושתפוח גן העדן נמצא שם. אציו מגיע לשם לפני צ'זארה ולוקח את התפוח. אציו רואה שצ'זארה עדיין חי ומנסה להרוג אותו. מיכלטו וצבאו עוצרים את צ'זארה על רצח רודריגו ועל גילוי עריות עם אחותו. האנימוס עובר קדימה 7 שנים, אציו רודף אחרי צ'זארה בהתקפה על ספרד. הוא נלחם בו, ודוחף אותו מחומה.

בעקבות מותו של רודריגו, צ'זארה ושאר המנהיגים העיקרים של הטמפלרים ברומא, דזמונד מיילס מגלה שאציו החביא את התפוח של עדן מתחת לקולוסיאום, בהריסות של הדוגה. דזמונד מצא את התפוח והפעיל אותו, דבר שאילץ את דזמונד על ידי שליטה של אחת מהאבות הקדמונים להרוג את לוסי סטילמן "וליצור איזון". דזמונד נופל יחד עם לוסי, והמשחק נעצר בנקודה זו. במהלך הצגת הקרדיטים, נשמעים שני קולות של גברים, אשר לוקחים ככל הנראה את דזמונד והאנימוס.